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MBR技術處理工業廢水在工業廢水處理中應用廣泛，它通常和生化單元連用，是生化處理的后端保障，也是回用水在反滲透膜前段的預處理。MBＲ處理受多種因素影響，通常有以下三方面：
1.膜系統的操作條件
膜系統的操作條件就是要維持膜的通透性能，保證其運行效果，同時要控制膜污染，及時進行膜清洗。 MBR 系統的最佳運行條件需現場根據實際情況進行摸索，如曝氣強度為 0.2-0.5m3 /(m2·h) ，最佳抽停時間比為 3:1-5∶1 時，MBＲ膜運行效果最好，膜污染程度最小。
2.原水水質條件
在進入MBR反應池前，各類廢水需要進行預處理，使原水的水質條件達到 MBR 反應池處理的標準。預處理的本質是提高廢水的可生化性，為后續的MBR反應池創造最佳條件。
3.膜污染及清洗技術
膜污染是指膜與溶液中的顆粒、溶質大分子或膠體、微生物或者難溶鹽等物質接觸，在物理、化學、機械等作用下，截留污染成分的同時，膜表面污染物聚集，膜孔孔徑變小甚至堵塞，導致MBＲ膜系統產水量下降、分離性能變差的現象。
目前解決膜污染的途徑主要有以下幾個方面：
3.1 開發耐污染膜材料，很多學者才去各種修飾手段來改變膜表面特性如親水性，引入納米粒子提升膜的抗菌性等。
3.2預處理工藝優化，在生化處理工藝前，選擇合適的預處理工藝，對容易造成膜污染的成分，在進入膜生物反應器前就去除，可以有效減緩膜污染的速率。
3.3在膜材料和預處理工藝一定的前提下，如果發生了膜污染，通常要進行物理或化學的清洗。膜清洗目的是消除膜污染并恢復膜的通透性能。理想的膜清洗技術，不僅能夠有效去除膜表面的污染物，而且作用條件溫和，在恢復和維持膜的通透性能的同時，不會降低膜處理效果。
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