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當反滲透的系統在運行過程當中，會出現一定的溶解物質以及懸浮物質，這些物質或多或少會對膜以及系統造成一定的污染，如果不及時清洗還會對系統造成嚴重的破壞，所以盡可能使用膜清洗劑定期對膜進行一定的維護才能使膜達到最佳的處理狀態。
在膜清洗的種類當中可大體分為物理清洗與化學清洗，了解污染物的種類及如何污染才能夠準確的對膜元件的性能進行恢復。物理清洗主要是采用低壓大流量的進水沖洗膜的表面，從而洗掉堆積物及其他的污染物。沖洗時對水的流速有著較高的要求，略低可能會難以有效清洗，而過高就會造成膜損傷的。
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所以化學清洗是當前既能保護膜又能高效清洗的一種較為流行的方式。化學清洗對藥劑有著一定的要求，不同的污染物有著與之相對應的清洗劑。由于膜所受到的污染不是單一的，所以在選擇膜清洗劑時應該分為酸性清洗和堿性清洗兩大步驟。對清洗而言，如果清洗順序不當或清洗劑選擇不當可能對污染進行進一步的惡化。
