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安裝和調試反滲透膜系統是一項較為嚴謹的工程，需要工作人員仔細認真的去完成。
（1）保安過濾器——嚴格把握保安過濾器濾芯安裝的嚴密性及得到壓實；
（2）儀器儀表——流量探頭應保持入口1.5米，出口1米，同時配備鞍形探頭底座；
（3）沖洗管道系統——沖洗系統管道時將保安過濾器的濾芯安裝上，防止大顆粒物質沉積在反滲透裝置及其相關管道上；
（4）膜安裝——膜元件安裝時要用醫用甘油，盡量避免使用洗滌靈等潤滑物質；
（5）阻垢劑投加——初始調試時要保證阻垢劑等藥劑的正常投加，防止調試時間延長后膜元件產生污染結垢現象；
（6）鹽水密封圈——安裝膜元件時要檢查鹽水密封圈的安裝方向；
（7）污染指數SDI——測試系統進水SDI值保持在3以內。
忽視上述7個關鍵點則容易產生比較嚴重的故障及不良影響：
A、嚴重的機械污堵，特別是膜元件易被尖銳的雜質劃傷；
B、流量計讀數不穩定，無法起到監控作用；
C、O型圈和鹽水密封圈出現磨損，產生產水水質下降及回收率偏高等現象；
D、較大的壓差使得膜元件產生望遠鏡效應，包括因結垢、污堵產生的一段壓差異常。
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