有幾種不同的膜清潔方法，例如向前沖洗，向后沖洗和空氣沖洗。

·進行正向沖洗時，用給水沖洗膜或向前滲透。進料水或滲透液比生產階段流過系統的速度更快。由于更快速的流動和由此產生的湍流，被膜吸收的顆粒被釋放和排出。被膜孔吸收的顆粒不會釋放。這些顆粒只能通過向后沖洗除去。

·向后沖洗是反向過濾過程。滲透液在壓力下被沖洗通過系統的進水側，施加了過濾期間使用的兩倍的通量。當助焊劑在反沖洗后仍未充分恢復自身狀態時，可采用化學清潔工藝。

·在化學清潔過程中，用氯漂白劑，鹽酸或過氧化氫溶液浸泡膜。首先將溶液浸入膜中幾分鐘，然后再進行正向沖洗或反向沖洗，從而將污染物沖洗掉。

·較新的清潔方法是所謂的空氣沖洗或空氣/水沖洗。這是前沖，在此期間將空氣注入供應管中。由于使用了空氣（而水速保持不變），因此產生了更加紊亂的清潔系統。

前沖

在膜上進行正向沖洗時，將打開負責死角管理的屏障。同時，膜暫時進行錯流過濾，而不會產生滲透物。
前沖的目的是通過產生湍流來去除膜上的一層結構污染物。在前向沖洗期間，液壓壓力梯度較高。

向后沖洗

當向后沖洗時，膜的孔由內向外沖洗。膜的滲透側上的壓力高于膜內的壓力，從而導致孔被清潔。向后沖洗是在回彈力大于生產壓力2.5倍的壓力下執行的。
滲透液始終用于向后沖洗，因為滲透液室必須始終無傳染性。向后沖洗的結果是過程恢復的減少。因此，向后沖洗必須占用最短的時間。但是，沖洗必須保持足夠長的時間，以至少完全沖洗一次模塊的體積。

空氣沖洗或空氣/水沖洗

在向后沖洗過程中，需要盡可能有效地去除膜表面的污垢。事實證明，Nuon與DHV和X-flow合作開發的所謂的空氣沖洗對執行此過程非常有用。使用空氣沖洗意味著用空氣/水混合物沖洗膜的內部。
在空氣沖洗過程中，將空氣添加到前沖洗中，從而導致形成氣泡，從而引起較高的湍流。由于這種湍流，結垢被從膜表面去除。
與正向沖洗相比，空氣沖洗的好處是在清潔過程中使用較小的泵送能力。

化學清洗

當上述清潔方法不能有效地將通量降低到可接受的水平時，需要化學清潔膜。
在化學清洗過程中，在反向沖洗過程中，將化學藥品（例如氯化氫（HCl）和硝酸（HNO 3））或消毒劑（例如過氧化氫（H 2 O 2））添加到滲透液中。整個模塊中充滿滲透液后，就需要將化學藥品吸收。清潔化學藥品完全吸收后，沖洗模塊并最終重新投入生產